فیلم کودکانه ننه نقلی داستان کودکانی هست که همراه مربی خود به شمال کشور سفر میکنند و مربی در طول راه داستان ننه نقلی و کدو قلقله زن را تعریف می کند.
رژيم بعث عراق در جريان جنگ با ايران درصدد است اثر يك نوع گاز شيميايي جديد را كه به منظور دفع آفات گياهي ساخته شده بر روي تعدادي از عراقي ها امتحان كند. نتيجه ي اين آزمايش مرگ تمامي افراد در مدت كوتاهي است. رژيم بعث با وارد كردن فشار به دكتر عراقي كاشف اين گاز و تهديد جان دختر و نوه ي دكتر او را وادار به انجام تحقيقات بيشتر مي كنند اما دكتر توسط يكي از شاگردان دخترش، دولت ايران را در جريان واقعه مي گذارد. با اعزام گروهي از نظاميان ايراني و به كمك يك راهنماي كُرد، آن ها موفق به نجات دكتر و دخترش مي شوند. و با راهنمايي دكتر و پس از درگيري هاي زياد با نظاميان عراقي و از جمله داماد دكتر كه يكي از نظاميان عراقي است، گروه اعزامي ايراني موفق به انهدام انبار نگهداري گاز شيميايي مي گردند اما داماد دكتر و راهنماي كُرد در اين درگيري ها كشته مي شوند و دكتر به همراه دختر و نوه اش با نظاميان ايراني وارد خاك ايران مي گردند.